ਲਈ ਹੁਕਮ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਦੂਜੇ ਦੇ ਧਰਮ ਨੂੰ ਹਾਨੀ ਪਹੁੰਚਾਉਣ ਤੋਂ ਵਰਜਿਆ। ਹਿੰਦੂਆਂ ਪ੍ਰਤੀ ਧਰਮ ਦੀ ਬਹਾਲੀ ਦੇ ਫੁਰਮਾਨ ਕਾਰਨ ਹਰ ਗੋਪਾਲ ਕੌਲ (੧੮੮੩) ਦੀ ਲਿਖਤ ਅਨੁਸਾਰ ੪੦ ਹਜ਼ਾਰ ਹਿੰਦੂਆਂ ਜਿਹੜੇ ਧੱਕੇ ਨਾਲ ਮੁਸਲਮਾਨ ਬਣਾਏ ਗਏ ਸਨ ਨੇ ਫਿਰ ਹਿੰਦੂ ਧਰਮ ਧਾਰਨ ਕਰ ਲਿਆ। ਹੋਰ ਤਾਂ ਹੋਰ ਗਵਰਨਰ ਸਾਹਿਬ ਦੇ ਚੰਗੇ ਰਾਜਨੀਤਕ ਅਤੇ ਆਰਥਿਕ ਫੈਸਲਿਆਂ ਕਾਰਨ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਹਿੰਦੂ ਅਤੇ ਮੁਸਲਮਾਨ ਸਿੱਖ ਸਜ ਗਏ।

ਹਰੀ ਸਿੰਘ ਨਲੂਆ ਨੇ ਹਿੰਦੂ ਪੰਡਿਤਾਂ ਨੂੰ ਪੁਰਾਤਨ ਮੰਦਰ ਜਿਹੜੇ ਕਿ ਮੁਗਲਾਂ ਨੇ ਢਾਹ ਦਿੱਤੇ ਸਨ ਅਤੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਜਗ੍ਹਾ ਮਸਜਿਦਾਂ ਉਸਾਰ ਦਿੱਤੀਆਂ ਸਨ ਨੂੰ ਦੁਬਾਰਾ ਬਨਾਉਣ ਦੀ ਜਦੋਂ ਗੱਲ ਕੀਤੀ ਤਾਂ ਉਹਨਾਂ ਇਹ ਸੁਝਾਅ ਠੁਕਰਾ ਦਿੱਤਾ। ਕਮਜ਼ੋਰ ਦਿਲ ਹੋਣ ਕਾਰਨ ਡਰ ਗਏ ਕਿ ਕਿਤੇ ਮੁਸਲਮਾਨ ਸਾਡੇ ਵਿਰੁੱਧ ਨਾ ਹੋ ਜਾਣ। ਦੂਜਾ ਇਹਨਾਂ ਦੇ ਮਨ ਵਿੱਚ ਸੀ ਕਿ ਸਿੱਖ ਰਾਜ ਪਤਾ ਨਹੀਂ ਕਿੰਨਾ ਚਿਰ ਰਹੇ।

ਹਰੀ ਸਿੰਘ ਨੇ ਗਊ ਨੂੰ ਹਿੰਦੂ ਧਰਮ ਅੰਦਰ ਪਵਿੱਤਰ ਮੰਨਣ ਕਾਰਨ ਸਾਰੇ ਕਸ਼ਮੀਰ ਵਿੱਚ ਗਊ ਹੱਤਿਆ ਬੰਦ ਕਰਨ ਦਾ ਵੀ ਹੁਕਮ ਦਿੱਤਾ। ਮੁਸਲਮਾਨ ਕਿਉਂਕਿ ਗਊ ਦਾ ਮਾਸ ਖੁਸ਼ ਹੋ ਕੇ ਖਾਂਦੇ ਹਨ ਇਸ ਲਈ ਉਨ੍ਹਾਂ ਕਹਿਣਾ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਕਾਫ਼ਰ (ਸਿੱਖ ਗਵਰਨਰ) ਨੇ ਇਹ ਚੰਗੀ ਗੱਲ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ। ਇਸ ਬੰਦਸ਼ ਨਾਲ ਘਾਟੀ ਵਿੱਚ ਮੁਸਲਮਾਨਾਂ ਲਈ ਮੀਟ ਦੀ ਘਾਟ ਵੀ ਹੋ ਗਈ ਪਰ ਇਸ ਦੀ ਪੂਰਤੀ ਲਈ ਉਨ੍ਹਾਂ ਭੇਡਾਂ, ਬੱਕਰੀਆਂ ਅਤੇ ਮੱਛੀ ਦੇ ਮੀਟ ਤੇ ਨਿਰਬਾਹ ਕਰਨਾ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।

ਹਰੀ ਸਿੰਘ ਨੇ ਹਰ ਧਰਮ ਦੇ ਸਤਿਕਾਰ ਵੱਲ ਪੂਰਾ ਧਿਆਨ ਦਿੱਤਾ। ਡੀ.ਸੀ. ਸ਼ਰਮਾ (੧੯੮੩) ਨੇ ਲਿਖਿਆ ਹੈ ਕਿ ਨਲੂਆ ਨੇ ਮੁਸਲਮਾਨਾਂ ਨੂੰ ਸ੍ਰੀ ਨਗਰ ਵਿੱਚ ਹਜ਼ਰਤ ਬਲ ਅਤੇ ਮਖਦੂਮ ਸਾਹਿਬ ਪਵਿੱਤਰ ਸਮਾਰਕਾਂ ਬਨਾਉਣ ਲਈ ਧਨ ਦਿੱਤਾ। ਗਨੇਸ਼ੀ ਲਾਲ ਆਪਣੇ ਕਸ਼ਮੀਰ ਨਾਮੇ (੧੯੪੬) ਵਿੱਚ ਲਿਖਦੇ ਹਨ ਕਿ ਖ਼ਾਲਸਾ ਰਾਜ ਅੰਦਰ ਕਸ਼ਮੀਰ ਤੋਂ ਅਮਰਨਾਥ ਦੀ ਯਾਤ੍ਰਾ ਤੇ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਤਕਰੀਬਨ ੪੦੦ ਬੈਰਾਗੀ ਸਾਧੂਆਂ ਅਤੇ ਛੇ ਹਜਾਰ ਦੂਜੇ ਯਾਤ੍ਰੀਆਂ ਨੂੰ ਰਸਤੇ ਵਿੱਚ ਮੁਫ਼ਤ ਭੋਜਨ ਅਤੇ ਦੋ ਰੁਪਏ ਪ੍ਰਤੀ ਸਾਧੂ ਹਰ ਸਮੇਂ ਦਿੱਤੇ ਜਾਂਦੇ ਸਨ। ਪਰ ਅੰਗ੍ਰੇਜ਼ੀ ਰਾਜ ਸਮੇਂ ਹਾਕਮ ਹਿੰਦੂ ਡੋਗਰੇ, ਰਾਜਾ ਗੁਲਾਬ ਸਿੰਘ ਨੇ ਇਹ ਸਹੂਲਤ ਬੰਦ ਕਰ ਦਿੱਤੀ ਸੀ।